В ХVI веке в этом районе находилось Козье болото, на котором местные жители пасли коз. В ХVII веке территорию облюбовал патриарх Гермоген (известный под именем Ермолай). Для своей слободы он решил разводить рыбу, для чего были вырыты три пруда, известные как Патриаршие пруды. Их появление привело к осушению Козьего болота и заселению местности. Слобода процветала, но постепенно пруды стали загрязняться и заболачиваться.

В начале ХIХ века два из них были засыпаны, но название одного из небольших переулков (всего триста метров) - Трехпрудного сохранилось. Оставшийся пруд находится под охраной, вокруг него разбит сквер. В книге Л. Лагина «Старик Хоттабыч» главный герой Волька жил в Трехпрудном переулке. Марина Цветаева, которая прожила здесь двадцать лет вплоть до замужества, описывает переулок в стихотворении «Ты, чьи сны еще непробудны...»

В книге В. Гиляровского «Москва и москвичи» также упоминается Трехпрудный переулок